Estructura organizacional
El gobierno y la administración de Funbapa están a cargo de un Consejo de Administración, integrado por representantes de las diferentes instituciones que la conforman.
La aprobación, el seguimiento y la evaluación de los Programas están a cargo de las Comisiones de trabajo, que se ocupan de las distintas temáticas y que están integradas por representantes de las instituciones de cada sector involucrado.
El nivel ejecutivo es desarrollado por los Coordinadores de Programas, bajo la supervisión de un Director, que tiene a su cargo además la administración de los recursos humanos y financieros.