La coordinación del Programa tiene sede en la localidad de General Roca (Río Negro), mientras que las jefaturas de zonas se ubican en Viedma (Este), Allen (Centro), Neuquén (Oeste), Bariloche (Valles Andinos Patagónicos) y Gaiman (Meseta Patagónica).

El PROCEM Patagonia, mediante respectivos convenios acordados por FunBaPa, dispone en forma parcial o total, de personal perteneciente a los gobiernos provinciales de Río Negro, Neuquén, Chubut, La Pampa, Santa Cruz y Buenos Aires. A su vez, en forma parcial se encuentran afectados técnicos del SENASA.