El área que contempla el PROCEM Patagonia es la región de la República Argentina ubicada entre los paralelos de 37º y 55º grados de latitud sur, con una extensión aproximada de un millón de kilómetros cuadrados y una población cercana a un millón setecientos mil habitantes.

A los fines de definir la estructura operativa del Programa y las tareas de supervisión, se ha dividido la región en 5 zonas, agrupando valles con características lo más similares posibles.