El Gobierno y Administración de la FunBaPa está a cargo de un Consejo de Administración, integrado por representantes de las diferentes instituciones que conforman FunBaPa.

La aprobación, el seguimiento y la evaluación de los Programas está a cargo de las Comisiones de trabajo, que responden –cada una - a determinadas temáticas. Estas Comisiones están integradas por representantes de las instituciones del sector involucrado.

Finalmente, el nivel gerencial y ejecutivo lo desarrollan los Coordinadores de Programas, bajo la supervisión de un Director Ejecutivo.

El Director Ejecutivo tiene a su cargo además la administración de los recursos humanos y financieros.