Todas las actividades de la Fundación se financian a través del aporte de productores, empresarios, SENASA, provincias, y por el cobro de servicios prestados.
Cada Programa y/o actividad tiene su fuente de financiamiento específica y absolutamente todos los gastos son auditados por las cada una de las instituciones que integran la Fundación.
El siguiente es el detalle de los programas y sus fuentes de financiamiento

Comisión de Sanidad Vegetal
Programa Mosca de los Frutos
Programa Supresión de Carpocapsa

Resolución SAGPyA 129/09

Sistema Cuarentenario Patagónico

Resolución 74/2003 de la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Pesca y Alimentos de la Nación

Resolución 258/95 del ex-Instituto Argentino de Sanidad y Calidad Vegetal

La resolución MAGyP N°4/10

SubPrograma de Fiscalización de Centros de Tratamiento Cuarentenarios

Resolución SENASA 061/01
Resolución SAGPyA 126/09

Comisión Hortícola

Resolución Provincial 172/98

Programa de Certificación de Cebolla

La Resolución 42/98
La Resolución 88/95
La Disposición 57/91
La Disposición 8/89
La Resolución 3/2005