El principal objetivo del Sistema Cuarentenario Patagónico es evitar el ingreso a la Región Protegida de plagas o enfermedades que puedan afectar a la producción regional.
Pero lograr el pleno reconocimiento internacional, además de sostener lo logros ya obtenidos, requiere siempre sumar nuevos esfuerzos que optimicen, haciéndolos más dinámicos, económicos y aceptables, a los ya existentes.
Con esa idea, en mayo de 2004 FunBaPa –junto al ISCAMEN y al SENASA, comenzó en el Programa Incan Trehua, cuyo nombre significa “Perros Protectores”.
Se trata de la primera experiencia integral en toda Latinoamérica de cría y adiestramiento de canes para la detección de productos orgánicos.
La prioridad del Programa es el adiestramiento y la provisión de canes para el Sistema Cuarentenario Patagónico.
Antecedentes 
El principal objetivo del Sistema Cuarentenario Patagónico es evitar el ingreso a la Región Protegida de plagas o enfermedades que puedan afectar a la producción regional.