Con el propósito de complementar y realizar un control de gestión de los procedimientos  que se realizan en los puestos de ingreso del Sistema Cuarentenario Patagónico, la FUNBAPA cuenta con personal y móviles especialmente equipados y monitoreados mediante un sistema de georeferenciación que realizan actividades como:

-Control e inspección en: rutas y caminos alternativos; lugares de acopio y almacenamiento mayorista, minorista y mercados concentradores de las distintas localidades de destino de la mercadería  o hacienda que ingresa; puestos en los que el tránsito es importante y hay dificultades para una inspección minuciosa; y puestos camineros.