Los puestos de control se clasifican en comerciales y no comerciales.

Los Comerciales son aquellos que están habilitados para el ingreso y egreso de productos, subproductos y derivados de origen vegetal y animal. También incluyen aquellos animales en pie, que den cumplimiento a todas las exigencias sanitarias.

Los No Comerciales son puentes vecinales o de servicios donde queda estrictamente prohibido el ingreso y egreso de productos de origen vegetal y animal.

Complementando los puestos fijos del Sistema Cuarentenario Patagónico, se han mantenido las Patrullas Volantes que realizan tareas de control e inspección en rutas y caminos alternativos, en zonas donde no existen límites naturales.